Φαντάσου να ξυπνάς σε έναν κόσμο όπου κάθε άνθρωπος έχει μυστηριωδώς μετατραπεί σε πέτρα. Χιλιετίες αργότερα ο Taiju απελευθερώνεται από την απολίθωση και βρίσκει παντού αγάλματα, μέχρι που συναντά τον φίλο του Senku που λατρεύει την επιστήμη. Φτάνοντας σε ένα πρωτόγονο χωριό, ο Senku προσπαθεί να κερδίσει τους κατοίκους και να χτίσει έναν νέο πολιτισμό βασισμένο στην επιστήμη, με πρώτο του σύμμαχο τον περίεργο Chrome. Η αποστολή τους είναι να βρουν θεραπεία για την Ruri, τη σαμάνα του χωριού και μεγαλύτερη αδελφή της Kohaku.