Η ιστορία των Scarlet Keys ξεκινά στο Arkham με μια σειρά μυστηριωδών εξαφανίσεων. Καθώς αντικείμενα, άνθρωποι και ζώα χάνονται, χάνονται και από τη μνήμη όσων μένουν πίσω. Μόνο εσείς και οι υπόλοιποι ερευνητές τους θυμάστε – ή έστω έτσι πιστεύατε. Με την άφιξη ενός αινιγματικού γράμματος, και με τον συγγραφέα του να υποστηρίζει πως θυμάται όσους εξαφανίστηκαν, ξεκινά ένα επικό ταξίδι το οποίο θα σας στείλει ως την άκρη του κόσμο, κάτω από τη ματιά της θανάσιμης Red Coterie. Αυτή η επέκταση είναι μοναδική καθώς σε αντίθεση με όλες τις άλλες σας επιτρέπει να έπειτα από τον πρόλογο να επιλέξετε εσείς που θα πάτε και η κάθε περιοχή που επιλέγετε κανονίζει και ποιο σενάριο θα παίξετε. Ως αποτέλεσμα, με εξαίρεση τον πρόλογο και το τέλος, όλα τα σενάρια μπορούν να παιχτούν χωρίς κάποια συγκεκριμένη αλληλουχία. Παρόλαυτα, δεν είναι σίγουρο πως θα τα παίξετε όλα σε ένα παιχνίδι καθώς ο βασικός σας εχθρός δεν είναι οι Παλαιοί αλλά ο ίδιος ο χρόνος.