Τριάντα χρόνια μετά τη μέρα που οι θεοί ισοπέδωσαν το Τόκιο, οι επιζώντες παλεύουν να απαντήσουν στο αδύνατο ερώτημα πώς σκοτώνεις έναν θεό. Μετά την τρομακτική επίδειξη δύναμης της Waka, ο Tokinaga την καταστέλλει και την επιστρέφει στο Ινστιτούτο Έρευνας Anti God για ανάκριση. Η Waka ισχυρίζεται πως έχει ορκιστεί να σκοτώσει τους θεούς, όμως με μάτια σαν τα δικά της μπορεί να την εμπιστευτεί κανείς. Καθώς αποκαλύπτεται ότι δεν είναι η μόνη με μυστικά, το ινστιτούτο δοκιμάζει τα δικά του όπλα εναντίον των θεών και η Waka πρέπει να αντέξει απέναντί τους αν θέλει να ζήσει αρκετά ώστε να αποδείξει ότι λέει την αλήθεια.