Η Μεγάλη Σύγκρουση των Νίντζα έχει τελειώσει, αλλά για να ξεδιαλύνει το μυστήριο που απομένει, ο Σασούκε ξεκινά ένα ταξίδι ελπίζοντας να εξιλεωθεί για τις αμαρτίες του. Στην πορεία του, νίντζα που παραμένουν πιστοί στον εκδικητή Σασούκε προκαλούν τραγωδία, ενώ ο κίνδυνος πλησιάζει τα χωριά Κόνοχα, Κίρι και Κούμο, με κόκκινα μάτια να καίνε από μίσος. Ποιο μέλλον θα αντικρίσει ο Σασούκε;