Ο Link πρέπει να αντιμετωπίσει το κακό σε κάθε στροφή στην επικίνδυνη αποστολή του για να βοηθήσει την Πριγκίπισσα Zelda. Μάγοι προσπάθησαν κάποτε να κατακτήσουν το Ιερό Βασίλειο της Hyrule, όμως τα Πνεύματα του Φωτός σφράγισαν τη δύναμή τους μέσα στον Κρύσταλλο της Σκιάς και τους εξόρισαν στο Βασίλειο του Λυκόφωτος πέρα από τον Καθρέφτη του Λυκόφωτος. Τώρα μια σκοτεινή απειλή αναζητά τη Midna, Πριγκίπισσα του Βασιλείου του Λυκόφωτος, και τα θραύσματα του Κρυστάλλου της Σκιάς για να αποκτήσει τη δύναμη να κυριαρχήσει τόσο στο Βασίλειο του Λυκόφωτος όσο και στον Κόσμο του Φωτός. Καθώς η Midna υπήρξε σύμμαχος του Link στο ταξίδι τους, ο στόχος της να σώσει το Βασίλειο του Λυκόφωτος δοκιμάζει τη σχέση τους. Η αναζήτηση του Link να σώσει τη Hyrule τον οδηγεί να ζητήσει συμβουλή από την Πριγκίπισσα Zelda και να μάθει ότι για να νικήσουν το απόλυτο κακό θα χρειαστούν ένα συγκεκριμένο όπλο, το Master Sword.