Ο Link και η Midna κατευθύνονται προς το Snowpeak για να βρουν τα κομμάτια του Mirror of Shadow που χρειάζονται ώστε να νικήσουν τον Ganondorf. Παρότι ο Link έχει ήδη αντιμετωπίσει τρομερούς εχθρούς για να σώσει το Hyrule και το Twilight Realm, η Midna αρχίζει να ανησυχεί ότι όσα έχει δει και η εμμονή του με τη δύναμη τον αλλάζουν. Τι θα κάνει ο Link αν ο μεγαλύτερος εχθρός του αποδειχθεί ότι είναι ο ίδιος;