Ο Link πρέπει να νικά το κακό σε κάθε στροφή στην επικίνδυνη αποστολή του να βοηθήσει την Πριγκίπισσα Zelda. Κάποτε μάγοι προσπάθησαν να κατακτήσουν το Ιερό Βασίλειο της Hyrule, όμως τα Πνεύματα του Φωτός σφράγισαν τη δύναμή τους μέσα στον Κρύσταλλο της Σκιάς και τους εξόρισαν στο Βασίλειο του Λυκόφωτος πέρα από τον Καθρέφτη του Λυκόφωτος. Τώρα μια σκοτεινή απειλή αναζητά τη Midna, Πριγκίπισσα του Βασιλείου του Λυκόφωτος, και τα θραύσματα του Κρυστάλλου της Σκιάς για να αποκτήσει τη δύναμη να κυβερνήσει τόσο το Βασίλειο του Λυκόφωτος όσο και τον Κόσμο του Φωτός. Η Midna αφηγείται στον Link το παρελθόν της και το πώς ο μοχθηρός μάγος Zant τη μετέτρεψε στη σημερινή της μορφή. Μπροστά τους, στο ίδιο το Βασίλειο του Λυκόφωτος, τους περιμένουν μεγαλύτεροι κίνδυνοι και ο ύπουλος μάγος Zant.