Οι νίντζα περιπέτειες συνεχίζονται στη δεύτερη σειρά με πρωταγωνιστή τον γιο του Ναρούτο, τον Μπορούτο. Μετά από μια σκληρή ανατροπή όπου οι ζωές του Μπορούτο και του Καβάκι έχουν ανταλλαγεί λόγω ενός πανίσχυρου τζούτσου, ο Μπορούτο στιγματίζεται ως προδότης και γίνεται φυγάς από το χωριό του, ενώ προπονείται με τον Σασούκε. Όταν όμως η Κόνοχα δέχεται επίθεση, ο πλέον ώριμος Μπορούτο επιστρέφει για να δείξει πόσο δυνατός έχει γίνει.