Επτά χρόνια πριν από τα γεγονότα του Bungo Stray Dogs, ο νεαρός Όσαμου Νταζάι λαμβάνει εντολή από τον Όγκαι Μόρι να ερευνήσει μια δυσοίωνη φήμη, έχουν υπάρξει θεάσεις του νεκρού προκατόχου του και ο νέος αρχηγός της Μαφίας θέλει οι νεκροί να μείνουν θαμμένοι. Στην πορεία, ο Νταζάι συναντά τον Τσούγια Νακαχάρα, έναν χειριστή της βαρύτητας και αρχηγό της εφηβικής συμμορίας Sheep. Μαζί θα γίνουν αργότερα διαβόητοι ως το δίδυμο Twin Dark, όμως προς το παρόν πρέπει να μάθουν να συνεργάζονται για να φτάσουν στην αλήθεια αυτού του μυστηρίου.