Φαντάσου να ξυπνάς σε έναν κόσμο όπου κάθε άνθρωπος έχει μυστηριωδώς μετατραπεί σε πέτρα. Μετά από αμέτρητες χιλιετίες, ο Taiju απελευθερώνεται από την απολίθωση και βρίσκει γύρω του μόνο αγάλματα, μέχρι που συναντά τον φίλο του Senku, λάτρη της επιστήμης. Μαζί σκοπεύουν να ξαναχτίσουν τον πολιτισμό με τη δύναμη της επιστήμης. Μετά την προδοσία του Hyoga, ο Senku και ο Tsukasa ενώνουν δυνάμεις ως η απόλυτη ομάδα, ενώ οι νέες τεχνολογικές εξελίξεις τους φέρνουν πιο κοντά στο μυστήριο της απολίθωσης. Όμως για το επόμενο μεγάλο ταξίδι στη θάλασσα χρειάζονται πλοίο και καπετάνιο, ξεκινώντας μια περιπέτεια που θυμίζει την εποχή των εξερευνητών.