Το Ghost in the Shell Stand Alone Complex 2 διαδραματίζεται στο έτος 2030 στη φανταστική ιαπωνική πόλη New Port και ακολουθεί τα μέλη της Δημόσιας Ασφάλειας Τμήμα 9, μιας ειδικής επιχειρησιακής ομάδας. Η ιστορία παρουσιάζει μεμονωμένες υποθέσεις που ερευνά η ομάδα, παράλληλα με μια πιο σοβαρή συνεχιζόμενη έρευνα για τον κατά συρροή δολοφόνο και χάκερ που είναι γνωστός μόνο ως ο Laughing Man. Ένα προηγμένο τεχνολογικό άρμα μάχης έχει ξεφύγει και κατευθύνεται προς την πόλη με άτρωτη άμυνα, αναγκάζοντας τη Major Kusanagi και το Section 9 να βρουν τρόπο να το σταματήσουν.