Δεκαέξι χρόνια πριν, μια τρομοκρατική οργάνωση με το όνομα New World Brigade απήγαγε ένα νεαρό κορίτσι, την Eka Tokura. Όταν εμφανίζονται πρόσφατες φωτογραφίες της, δείχνει ακριβώς ίδια όπως τότε. Για να ερευνήσει το μυστήριο, μια ειδική μονάδα της Υπηρεσίας Ναυτικής Ασφάλειας αποστέλλεται σε ένα τεχνητό νησί ανοιχτά της Οκινάουα που έχει καταληφθεί από την οργάνωση, όμως οι επικοινωνίες χάνονται. Η Section 9 αναλαμβάνει να ανακαλύψει τι συνέβη στο νησί και να αποκαλύψει την αλήθεια πίσω από την αμετάβλητη εμφάνιση της Eka.