Αφού μαθαίνουν ότι το σώμα της υποτίθεται αγνοούμενης Major Kusanagi έχει εμφανιστεί κάτω από μυστηριώδεις συνθήκες, οι Togusa και Tsunagi της Section 9 ταξιδεύουν προς τον βορρά για να συνεχίσουν την αναζήτηση απαντήσεων. Όταν όμως η έρευνά τους για την εμπλοκή της αιρετικής κοινότητας Aterui γίνεται βίαιη, η αποστολή εκτροχιάζεται και ο Tsunagi πέφτει στα χέρια του σκοτεινού και επικίνδυνου White Bear. Στο μεταξύ στον νότο, οι Batou και Ishikawa μπλέκουν με τις Triads και τη φαινομενική εμπλοκή τους στις διεφθαρμένες συναλλαγές της Osaki Heavy Industries.