Όταν ο Mega Man μεγαλώνει, έρχεται αντιμέτωπος με τη μεγαλύτερη πρόκληση όλων, τη ζωή ως ενήλικας. Οι μάχες με τον Dr. Wily ανήκουν στο παρελθόν και ο Mega Man ζει πλέον σε έναν ειρηνικό κόσμο, περνώντας τις μέρες του ως οδοντίατρος. Όμως παρατηρεί αύξηση σε παράξενα περιστατικά που σχετίζονται με ρομπότ και αναγκάζεται να χρησιμοποιήσει ξανά τη δύναμή του για να προστατέψει τον κόσμο και να αποκαλύψει τον εγκέφαλο πίσω από αυτό το μυστήριο.