Ο Link και η Midna συνεχίζουν το ταξίδι τους προς το Death Mountain, αναζητώντας μια δύναμη που μπορεί να σώσει τη Hyrule από τον Shadow King. Αντιμέτωπος με αμέτρητα εμπόδια, ο Link πρέπει να ξεπεράσει τις αμφιβολίες του και να βρει την Ilia και τους υπόλοιπους χωρικούς που απήχθησαν από τις δυνάμεις του κακού. Και ακόμη κι αν τα καταφέρει, πρέπει να εντοπίσει τα θραύσματα του Shadow Crystal. Η αποστολή συνεχίζεται στο Shadow Realm.