Ο Link και η Midna κατευθύνονται προς το Death Mountain για να διώξουν το σκοτάδι που βασανίζει τους Gorons και να αποκτήσουν ένα ακόμη θραύσμα του Shadow Crystal. Αν το βρουν, θα απομένει μόνο ένα τελευταίο κομμάτι. Όμως η περιπέτειά τους κάθε άλλο παρά τελειώνει καθώς στο Κάστρο της Hyrule συγκεντρώνονται σκιές και τους περιμένουν νέοι κίνδυνοι και τρομεροί εχθροί.