Τριάντα χρόνια αφότου οι θεοί ισοπέδωσαν το Τόκιο, οι επιζώντες προσπαθούν να απαντήσουν στο αδύνατο ερώτημα πώς σκοτώνεις έναν θεό. Η Ιαπωνία έχει εισβληθεί από θεότητες που άφησαν πίσω τους μόνο θάνατο και καταστροφή, ενώ ο ερευνητής του Anti God Scientific Research Institute Σατσιγιούκι Τοκινάγκα είναι αποφασισμένος να βρει τρόπο να τους εξοντώσει και να σώσει την ανθρωπότητα. Όταν συναντά τη μαθήτρια λυκείου Γουάκα Καμικούρα, οι δυο τους μπορεί να αλλάξουν για πάντα τη μοίρα του κόσμου. Αναζητώντας απαντήσεις για την εξαφάνιση μιας φίλης της, η Γουάκα παραβιάζει τη Ζώνη Κινδύνου του Τόκιο και έρχεται αντιμέτωπη με τον Τοκινάγκα, αλλά καθώς διστάζει να τον εμπιστευτεί, εκείνος καταλαβαίνει ότι κρύβει ένα επικίνδυνο μυστικό που ίσως είναι το κλειδί για να τελειώσουν οι θεοί μια και καλή.