Ο Sora, ο Donald και ο Goofy συνεχίζουν το ταξίδι τους μπαίνοντας στο μυστηριώδες Castle Oblivion, όπου μια σειρά από παράξενες κάρτες και η δύναμη της μνήμης αλλάζουν την πορεία της περιπέτειας. Η ιστορία βασίζεται στο Kingdom Hearts: Chain of Memories και φέρνει ξανά μαζί τους κόσμους της Disney και του Final Fantasy σε ένα manga γεμάτο δράση.