Η τρίτη Master Edition του Knights of Sidonia του Tsutomu Nihei συγκεντρώνει περίπου δυόμισι από τους αρχικούς τόμους της σειράς σε ενιαία έκδοση 425 σελίδων, με μεγαλύτερη γραμματοσειρά και έγχρωμα ένθετα. Μετά το άνοιγμα ενός απαγορευμένου δωματίου, ο ηρωικός πιλότος Saito δεν είναι πλέον ο μόνος θρυλικός κάτοικος της Sidonia με παραπλανητικό άβαταρ. Παράλληλα, ένας επερχόμενος αστεροειδής αναγκάζει τις κινητές μονάδες του διαστημοπλοίου να εμπλακούν σε μάχη σε περιβάλλον θετικής βαρύτητας, με την Assistant Commander Yuhata Midorikawa να αναλαμβάνει τη διοίκηση, παρά την απειρία και την αβεβαιότητά της.