Η τάξη 3 4 έδωσε την τελική μάχη στο τέλος της σχολικής χρονιάς απέναντι σε δύο μεγάλες οργανώσεις δολοφόνων και βγήκε νικήτρια. Όμως αποκαλύπτεται ο αληθινός εγκέφαλος και μια ακόμη μεγαλύτερη απειλή, ο Soji Kodo και η οικογένεια Kodo. Με την έναρξη των καλοκαιρινών διακοπών, ο Arakuni Ibuki απολαμβάνει μια σύντομη ανάπαυλα, μέχρι που έρχεται στο φως μια σοκαριστική αλήθεια: το email από τον «προδότη» δεν στάλθηκε από τον Kuran Shuto. Ένα μυστηριώδες άτομο στην τάξη 3 4, ο «X», εμφανίζεται ξαφνικά.