Ο Εκπαιδευτής Ruby πρέπει να αντιμετωπίσει τον πιο τρομακτικό αντίπαλό του μέχρι τώρα, τον ίδιο του τον πατέρα. Στο μεταξύ η Sapphire δυσκολεύεται να συμπληρώσει τον απαιτούμενο αριθμό μαχών σε Γυμναστήρια, καθώς ένας Αρχηγός Γυμναστηρίου θέλει απλώς να της δώσει σήμα χωρίς κανονική μάχη και ένας άλλος έχει απαχθεί. Πίσω από όλα φαίνεται να βρίσκεται η Team Magma, με λίγη βοήθεια από την Team Aqua, οδηγώντας τους Ruby και Sapphire σε ένα σερί αποτυχιών. Περιλαμβάνει τα αρχικά Pokémon Adventures τόμους 16, 17 και 18.